گروه پژوهشی سیاستگذاری و اقتصاد سلامت از همان ابتدای تأسیس مؤسسه با نام گروه پژوهشی «بررسی‌های اقتصاد بهداشت و درمان» و با هدف تصمیم‌سازی برای بزرگترین خریدار و دومین عرضه کننده خدمات درمانی کشور، یعنی سازمان تامین اجتماعی آغاز به کار نمود. در دستور کار گروه ، انجام طرح های پژوهشی کاربردی، توسعه‌ای و بنیادی در زمینه‌های بالینی، اقتصاد سلامت و مدیریت سلامت در سطوح خرد و کلان قرار دارد. در این راستا، گروه پژوهشی سلامت با توانایی در اختیار گرفتن ظرفیت‌های پژوهشی موجود در کشور و با بهره‌گیری از سیاست‌های کلی سلامت ابلاغ شده توسط مقام معظم رهبری، انجام پژوهش در زمینه‌های مرتبط با توسعه بیمه‌های سلامتی، عدالت در سلامت، کیفیت خدمات و راهنماهای بالینی، فن‌آوری سلامت و دارو، هزینه خدمات و مدیریت منابع، تعرفه ها، نظام‌های پرداخت، مدیریت تقاضا و ... را در دستور کار دیده است.